La défaite française de 1940 renforça le nationalisme. La figure principale du nationalisme marocain, Allal el-Fasi, allait donner ses fondements idéologiques au parti de l'Indépendance, l'Istiqlal, fondé en 1943 par Ahmed Balafrej et El-Tazidi, un an après le débarquement des troupes américaines au Maroc. Le pays devint une base stratégique pour les Alliés jusqu'à la fin de la Seconde Guerre mondiale.
Aux revendications des nationalistes, la France répondit, en 1944, par l'arrestation de Balafrej. En 1945, le sultan Mohamed ben Youssef reprit à son compte la demande d'indépendance et se heurta à l'opposition de la France poussée par le parti colonial. Grèves, émeutes et terrorisme ensanglantèrent le pays à l'annonce de la déposition du sultan, le 20 août 1953. Il fut exilé en Corse puis à Madagascar et remplacé par le pacha traditionaliste de Marrakech, Mohamed ben Arafat. Cependant, la France, qui était engagée dans la guerre d'Algérie, devait faire face à la révolte nationaliste en Tunisie et sortait à peine de la guerre en Indochine, rappela le sultan dont l'exil n'avait fait que conforter la légitimité et grandir le prestige international. Paris reconnut l'indépendance du pays le 2 mars 1956!; Madrid reconnut celle du Maroc espagnol, le 7 avril. Ceuta, Melilla et Ifni demeuraient cependant des enclaves espagnoles. Le statut international de Tanger, institué en 1923, fut aboli le 21 octobre. En août 1957, le sultan Mohamed ben Youssef devint roi du Maroc, sous le nom de Mohammed V.